Эндемики  - это виды, географическое распространение которых ограничено отдельным районом (географическая область, страна и т.п.). В европейском контексте эндемизм – важная особенность болгарской флоры, так как она занимает четвёртое место на континенте по эндемизму флоры – около 9-10% семенных растений. Эндемизм флоры Странджи выражен гораздо слабее, чем в среднем по стране.В Природном парке насчитывается 55 видов болгарских и балканских растительных эндемиков.

Страндже имеются местные эндемики туриловая вероника (Veronica turrilliana) и странджанская (йорданова) пупавка (Anthemis jordanovii). Болгарские эндемики представлены шестью видами и тремя подвидами – болгарская груша (Pyrus bulgarica), омежник тысячелистный (Oenanthe millefolia),  подмаренник болгарский (Galium bulgaricum),  крумова вероника (Veronica krumovii) и другие. Балканских эндемиков насчитывается 39 видов и 5 подвидов.

В соответствии с особенностями географического расположения, геологического прошлого и климата можем с известной долей условности принять некоторые из наиболее знаковых для Странджи представителей флоры с эвксинским происхождением как «южночерноморские» эндемики. В качестве эвксинских эндемиков, распространение которых ограничено по южному побережью Чёрного моря между Странджой, Понтийскими горами и Кавказом, можно рассматривать рододендрон понтийский (Rhododendron ponticum), волчеягодник понтийский (Daphne pontica), падуб колхидский (Ilex colchica) и др.