В болгарской части Странджи известны и зарегистрированы в научных публикациях 1666 вида и 54 подвида высших папоротниковидных, хвощевидных и семенных растений, что составляет 47,6% их видового состава в Болгарии.

Папоротниковидные представлены 22 видами, а хвощевидные – 5 видами.Ещё больше флористическое разнообразие на уровне «семейств» (121) и «родов» (618), представляющих более 70% от всех известных в Болгарии таксонов этого типа.

Наибольшим количеством видов представлены семейства Астровые (Asteraceae) – 191 вид 62 родов, Злаки (Poaceae) – 154 вида 72 родов и Бобовые (Fabaceae) – 146 видов 28 родов.

    В ПП «Странджа» открыто около ста видов мхов. В Красную книгу европейских мхов включен вид Metzgeria simplex, а в Список редких и находящихся под угрозой вымирания мхов Болгарии – 14 видов, причём Странджа – это единственное место в стране, где произрастают 10 из них и одно из двух – для 4 оставшихся видов.Редкие виды в Парке относятся преимущественно к переходному атлантическо-средиземноморскому ареалу распространения в отличие от преобладающих в болгарской моховой флоре околополярных видов.