Ендемити са видове, чието географско разпространение е ограничено само в отделен район (географска област, страна и т.н.). В европейски контекст ендемизмът е значима характеристика на българската флора, тъй като тя четвърта в континента по относителния дял на флористичните ендемити – около 9-10% от семенните растения. Флористичният ендемизъм на в Странджа планина е много по-слабо проявен в сравнение със средния за страната. В Природния парк българските и балкански флористичните ендемити наброяват 55 вида.

Локални за Странджа планина ендемити са странджанското (търилово) великденче (Veronica turrilliana) и странджанското (йорданово) подрумиче (Anthemis jordanovii). Българските ендемити са представени от шест вида и три подвида – българска круша (Pyrus bulgarica), хилядолистен воден морач (Oenanthe millefolia), българско еньовче (Galium bulgaricum), крумово великденче (Veronica krumovii) и други. Балкански ендемити са 39 вида и 5 подвида.

Съобразно спецификите в географското разположение, геологичното минало и климата на Странджа, можем с известна условност да възприемем някои от най-знаковите за планината флористични елементи с евксински произход като „южночерноморски“ ендемити. Като такива евксински ендемити, чието разпространение се ограничава по Южното крайбрежие на Черно море между Странджа, Понтийските планини и Кавказ, могат да се разгледат зелениката (Rhododendron ponticum), странджанското (понтийско) бясно дърво (Daphne pontica), колхидският джел (Ilex colchica) и др.