За българската част на Странджа са известни и регистрирани в научни публикации 1666 вида и 54 подвида висши папратовидни, хвощообразни и семенни растения, което съставлява 47,6% от видовия им състав в България. Папратовидните са представени от 22 вида, а хвощообразните – от 5 вида.

Още по-голямо е флористичното разнообразие на ниво „семейство“ (121) и „род“ (618), които таксони са представени с над 70% от известните за България. С най-много видове са представени семействата Сложноцветни (Asteraceae) – 191 от 62 рода, Житни (Poaceae) – 154 вида от 72 рода и Бобови (Fabaceae) – 146 вида от 28 рода.

В ПП „Странджа” са установени близо сто вида мъхове. В Червената книга на европейските мъхове е включен вида Metzgeria simplex, а в Списъка на редките и застрашени мъхове в България – 14 вида, като Странджа е единствено находище в страната за 10 от тях и едно от общо двете – за останалите 4 вида. Редките видове в Парка са предимно с преходно-атлантико-средиземноморско разпространение, което ги отличава сред преобладаващите в българската мъхова флора околополярни видове.