Администрацията на Природения парк е създадена през м. ноември 1995 година от бившия Комитет по горите като Управление на Народен (тогава) парк “Странджа”. През 1998 година Управлението   е преобразувано в Дирекция – юридическо лице на пряко подчинение на Националното управление по горите в Министерство на земеделието и горите. Към днешна дата Дирекцията на природен парк Странджа е специализирано териториално звено на Изпълнителната агенция по горите (ИАГ) към Министерството на земеделието и храните (МЗХ). Своята дейност Дирекцията на Парка координира и с Регионалната дирекция по горите в Бургас.

Дирекцията на Природен парк (ДПП) “Странджа” провежда държавната политика за управление и контрол на защитената територия, с цел дългосрочното опазване на уникалната й природа и осигуряване на устойчиво социално-икономическо развитие на района. ДПП Странджа отговаря и за двете едноименни защитени зони "Странджа" - за опазване на дивите птици и природните местообитания. В спектъра на нейните дейности се отнасят мероприятията по опазване и възстановяване на биологичното и ландшафтно разнообразие; образователни, популяризаторски, консултантски и рекламни дейности, целящи повишаване екологичната култура на местното население и посетителите на Парка; изграждане и поддръжка на парковата инфраструктура за обслужване на туризма и рекреацията; осъществяване на научни и научно-приложни дейности; създаване и поддържане на база данни за Парка и прилежащите му територии. Важна част от дейността на Дирекцията е контролната дейност. Съгласно Устройствения правилник (в сила от 10.02.2012 г.) ДПП осъществява контрол по спазване на Закона за горите, Закона за лова и опазване на дивеча, Закона за защитените територии, Закона за рибарството и аквакултурите, Закона за лечебните растения, Закона за биологичното разнообразие, Закона за водите, Закона за опазване на селскостопанското имущество, Закона за опазване на земеделските земи и подзаконовите актове по прилагането им, както и по други закони и нормативни актове, за които е упълномощена от органа по прилагането им. ДПП контролира спазването на режимите, нормите и условията, определени със заповедите за обявяване и с плановете за управление на природния парк, защитените зони и защитените територии от други категории, които попадат в териториалния обхват на дейност на дирекцията. ДПП Странджа също: участва в контрола по възобновяването, стопанисването и защитата на горските територии в границите на природния парк; участва в контрола по опазването на горските територии, както и на дивеча и рибните ресурси във водните обекти, ползвани за любителски риболов в горските територии в границите на природния парк; съгласно нормативните документи съгласува всички горскостопански дейности и документи за района на дейност на ДПП. Служителите на ДПП Странджа са задължени да осъществяват специализиран контрол в териториалния обхват на дейност на дирекцията на природния парк.  С други думи ДПП Странджа е основния местен специализиран държавен контролен орган, който е длъжен да следи и налага спазването на природозащитните режими (определени със Заповедите за обявяване и с Плановете за управление (когато има утвърдени такива)), както на Природния парк, двете едноименни защитени зони, така и на природните забележителности и защитените местности в Парка. Съгласно Закона за защитените територии и Устройствения правилник Директорът на ДПП е длъжен да спира дейности и строителство в предоставени за ползване гори, земи и водни площи в защитени територии - държавна, общинска и частна собственост, извършвани в нарушение на утвърдените планове за управление и устройствени и технически планове и проекти. При упражняване на контролната си дейност служителите на ДПП извършват проверки, при което съставят констативни протоколи. В случай на установени нарушения служителите на ДПП Странджа са длъжни да санкционират нарушителите.

Дирекцията реализира различни природозащитни инициативи, мотивира местните общности за съвместна работа и подпомага обогатяването на туристическите услуги в региона. Като най-успешни от тях се наложиха възстановяването на нестинарския обряд в с. Българи и нестинарското шествие до Голямата аязма, както и досегашните (повече от десет) издания на Фестивала на зелениката, превърнал се в традиционен регионален форум за туристическо предлагане на територията на Природния парк.

В Дирекцията работят 10 човека.

Седалището на Дирекцията е  в  гр. М. Търново. От 2003 г. функционера офис на Дирекцията в гр. Царево, където работят двама експерти.

През 2007 г. в Малко Търново е открит информационно-посетителски център на ДПП “Странджа”, през 2011- в Граматиково, а през 2012 - Специализиран разсадник  за редки видове и Посетителски център в м. Качул, землище на с. Граматиково, в близост дo р. Велека. В изпълнение на ОПОС предстои откриването на офис и информационно-посетителски център в гр. Ахтопол.

В съответствие с Правилника за устройството, функциите и дейността на ДПП основните функции на дирекцията се свеждат до:

изпълнение на Плана за управление на парка;

КОНТРОЛ върху горскостопанските дейности, страничните ползвания, строителството и охраната на територията на Парка във връзка с опазването на биологичното разнообразие;

контрол по спазването на режимите, нормите и условията, определени със заповедите за обявяване и с плановете за управление на природния парк, защитените зони и защитените територии от други категории, които попадат в териториалния обхват на дейност на дирекцията;

участие в контрола по възобновяването, стопанисването и защитата на горските територии в границите на природния парк;

участие в контрола по опазването на горските територии, както и на дивеча и рибните ресурси във водните обекти, ползвани за любителски риболов в горските територии в границите на природния парк;

осъществява специализиран контрол в териториалния обхват на дейност на дирекцията на природния парк самостоятелно и чрез горски инспектори;

санкционира нарушители в предвидените от Закона за горите случаи;

съгласно нормативните документи съгласува всички горскостопански дейности и документи за района на дейност на ДПП;

осъществява мониторинг върху състоянието на биоразнообразието на природните екосистеми, съобщества и отделни таксони; състоянието на популациите на защитени, редки, застрашени и ендемични представители на дивата флора и фауна като част от Националната система за мониторинг на биологичното разнообразие; туристическото натоварване в границите на парка;

планиране и организиране на научни изследвания, образователни програми, пропагандни дейности;

организиране на посетителски и информационни центрове;

организиране на мероприятия по опазване и възстановяване на биологичното и ландшафтно разнообразие;

подпомагане развитието на туризма и рекреацията на територията на парка и околопарковите зони;

поддържане на архив и база данни за територията на природния парк;

организиранe и реализация на дейности по опазването на културноисторическото наследство съвместно с местните органи и поделения на МК.

Функциите в устройствения правилник са определени за цялата територия на Парка, но основен източник на бюджетно финансиране е ИАГ, което предполага извършване на поддържащи и възстановителни дейности предимно в горския фонд.

Основният финансов източник за дейността на ДПП е държавния бюджет чрез ИАГ/МЗХ. През последните години средства за финансиране на извършваните от ДПП дейности се набират посредством кандидатстване с проекти и програми пред регионални, национални и международни донори. ДПП не разполага с нормативна база за формиране на приходи от своята дейност.

Съгласно статута на ДПП всички приходи, генерирани на място от Дирекцията – продажба на рекламни материали, туристически услуги и др., се внасят по сметки на ИАГ.