Гъбите в Парка не са проучвани системно, като досега са описани над 100 вида. Високият дял на редките за Европа видове, особено средиземноморски (Clathrus ruber, Leucopaxillus lepistoides и др.), свидетелства за богато и интересно гъбно царство. Ценните ядливи видове са 20, от които широко разпространени в Парка са 14 вида.

В българския Червен списък на гъбите са включени 8 вида, катокритично застрашена е бохузиевата печурка (Agaricus bohusii), а два са застрашени (Agaricus altipes, Melanogaster variegatus). Застрашени или редки в Европа са 17 вида, сред които гъбата булка (Amanita caesarea), бронзовата и царската манатарка (Boletus aereus, B.regius).