Защитена местност “Кривинизово”(109 ха)

Обявена е през 1991 година с цел опазване местообитанията на редки растения и птици (малък египетски лешояд).  Заема част от южните склонове към долината на река Велека.

Защитена местност “Моряне”(102,7 ха)

Разположена е на скалистия десен бряг на река Велека, на около 4 км югозападно от село Звездец. Типичен орнитологичен обект. Тук гнездят много редки видове птици.

Защитена местност “Батака” (40.24 ха)

Намира се на около 5 км североизточно от с. Близнак. Обявена е с цел опазване на естествени смесени дъбово-габърови гори с участие на странджански дъб – лъжник.

Защитена местност “Парория” (988, 6 ха)

Намира между селата Калово и Заберново, в долината на реките Казански дол и Заберска река. Обявена е през 1991 година с цел запазване на естествени благуново-горунови съобщества, исторически и културни ценности. Тук се срещат голям брой вековни дървета, като най-старото от тях e 1000-годишен благун и вероятно най-възрастното дърво в Странджа.

Защитена местност “Велека” (1546,3 ха) 

Обявена е с цел запазване на старите дъбово – букови гори и живописния каньон на р. Велека. Обхваща средното течение на река Велека, където тя преминава през карстов район и образува множество меандри. Във вековните девствени гори и скалисти склонове намират убежище много птици – скален орел, който на територията на България единствено в Странджа гнезди на дървета, черен щъркел, египетски лешояд и много бозайници. В река Велека се намира една от най-добре запазените в Европа популации на видрата.

Защитена местност “Босна”(52 ха)

Намира се на около 5 км североизточно от с. Младежко, на Босненското било. Опазва гнездящите в района защитени и редки видове птици, много от които включени в Червената книга.

Защитена местност “Руденово”(15,3 ха)

Намира се на изток от с. Сливарово, зад граничното съоръжение, над долината на р. Резовска. Създадена е с цел опазване на много добре съхранено находище на странджанска боровинка, разположено в стара букова гора със зеленика.

Защитена местност “Докузак” (5 ха)

Обхваща красив карстов район при река Докузак, с малкия еднименен водопад и непресъхващите девет извора.  По поречието й има места за отдих и риболов.

Защитената местност е създадена с цел опазване на естествено находище на кримски чай. Тук се намира най-компактното от разпръснатите в околността негови находища. Опитите за изкуственото му размножаване са успешни – това дава възможност да се възстанови разпространението му и се използва като чудесен тонизиращ чай.

Защитена местност “Петрова нива”(250 ха)

Обявена е с цел опазване на характерния ландшафт, местообитанияна редки видове птици и застрашени растителни видове. В южната й част до склоновете, спускащи се към р. Велека, е разположен едноименният мемориален комплекс на Преображенци.

Защитена местност “Марина река” (47 ха)

В началото на 1933 г. се създава първият български резерват “Горна Еленица-Силкосия”. В територията му е включена и м. Марина река. По-късно м. Горна Еленица отпада от площтта на резервата. През 70-те години на ХХ век върху най-представителната й част се обявява защитената местност “Марина река”. Днес тя е  най-посещаваната при специализирани ботанически турове в Странджа, тъй като избягвайки забраните на строгия резерватен режим, в тази “класна стая на открито”, в рамките само на тридесетина минути могат да се опознаят всички емблематични видове от колхидската терциерна флора. Бродейки из гъсталаците на надвисналите зеленики, спирайки срещу единственото тисово дърво, заобиколени от вечнозелените храсти на лавровишната и джела, ще се потопите в изгубеното царство на реликтните растения.

Защитена местност “Пирен” (22 ха)

Намира се на 4 км североизточно от Кости. Каменистите му припеци опазват   най-представителното находище на формации от  пирен и други редки храсти и треви. Пиренът е вечнозелен реликтен храст. За България той се среща единствено в Странджа.

Защитена местност “Кълката” (18,9 ха)

Намира се в югоизточна посока непосредствено до селото и река Велека. Обявена е с цел  опазване гнездото на двойка бухали. По тази причина местността понякога бива назовавана и “Бухала”.

Странджа защитена местност “Устие на р. Велека”(1 511 ха)

Разположена е при устието на едноименната река и долната част от водосборния й басейн. Опазва долината на Велека, пясъчната коса (дълга около 500 м) и част от черноморското крайбрежие. Според оценката на ландшафтните показатели, устието на Велека, макар и в конкуренцията на Ропотамо и Камчия, е несъмнено най-живописното кътче по българското черноморско крайбрежие. Тук се срещат интересни редки видове като морски отантус, приморски ранилист, морски морков, крайморско чадърче, а застрашената жълта водна роза (бърдуче), се среща единствено тук за територията на Природния парк.

Над защитената местност преминава големият миграционен път ViaPontica. Извън гнездовия период тук се срещат птици, които я използват за презимуване или за почивка по време на прелета – малък и голям гмурец, обикновен корморан, дяволица (световно застрашен вид), ням лебед. Само в морето, в близост до брега – черноврат гмурец, качулат корморан, червеноклюна потапница, бял ангъч, няколко вида чайки и др. От всички установени в р. Велека риби, 7 са включени в Червената книга на България – змиорка, шаран, лупавец, атерина, триигла бодливка и др. По прилежащото Черноморско крайбрежие могат да се видят и морските бозайници – трите вида делфини, описани за Черно море и тюленът монах (световно застрашен).

Странджа защитена местност “Силистар” (773 ха)

Разположена е между селата Синеморец и Резово покрай живописния и силно разчленен  морски бряг. Името си дължи на едноименната малка река, която се влива в Черно море.

Местността е най-богатата по отношение броя на растителни видове за единица площ в България. Тук се намират едни от последните оцелели бели понтийски дюни по нашето Черноморие. Край залива Силистар е разположено най-южното находище на пясъчната лилия у нас. В залива Липите причудливите стволове на дърветата достигат до самата пясъчната ивица. Разпространени в защитената местност са редките за България морски ветрогон, дива смокиня, гмелинова гърлица, българската круша и други.

Осемнадесет от видовете риби, регистрирани и в двете защитени местности, обитават и крайбрежните морски води. От тях морската змиорка, резовският харип и резовската бряна са включени в Червената книга на България.

Защитените местности  “Устието на р. Велека” и “Силистар” са част от комплекса Велека-Резовска, описан като приоритетна влажна зона с национално значение в България. Включени са в списъка на най-значимите влажни зони в България, с изразено значение за опазване на водолюбивите птици.

През 2007 година, със заповеди на Министъра на околната среда и водите бившите пет буферни зони около резерватите в Парка са прекатегоризирани като защитени територии от типа защитена местност.